Организация под названием «Агентство Д» создана осенью 1937 года в качестве независимого армейского подразделения по личной инициативе подполковника Юки. По слухам, Юки сам в прошлом был хорошим агентом и добыл у врага немало секретов, пока его не предал союзник. До побега из плена подполковника жестоко пытали, чем объясняется отсутствие левой руки и то, что он ходит с тростью, прихрамывая на левую ногу. Получив прозвище «Властелин тьмы», Юки учит солдат по принципам, которые сильно отличаются от традиционной армейской мудрости. Игнорируя армейские ранги, одежду и поведение, он учит своих подопечных быть незаметными и невидимыми, а также берёт кандидатов издалека, тренируя специалистов нескольким языкам, взлому и мастерству скрытности. Под фальшивыми личинами его агенты выполняют миссии по всей Азии.

Трёхмерная стереоскопическая версия полнометражного аниме-фильма — Ghost in the Shell: Stand Alone Complex - Solid State Society, включающая в себя новый опенинг.

Прошло 2 года с того дня, как Мотоко Кусанаги ушла из 9-го отдела. Новым лидером стал Тогуса, расширив штат отдела до 20 оперативных работников. Обновленный состав сталкивается с серией странных случаев, которые выводят их на высококлассного хакера под ником «Кукольник».

В разгар расследования Бато сталкивается с Мотоко. Уходя, она говорит лишь держаться подальше от Solid State Society — общества, обеспечивающее стабильность государства. Бато остается лишь гадать, может Мотоко и есть Кукольник?

С каждым новым случаем отдел шаг за шагом приближается к разгадке. Но кто же — Кукольник? Что будет с отношениями между Бато и Мотоко? И какая правда скрывается за этими тщательно спланированными преступлениями?