Сюжет основан на серии игр Ace Attorney, известных в Японии как «Gyakuten Saiban».

Рюичи Наруходо — начинающий защитник в суде, устроившийся работать в компанию, возглавляемую Чихиро Аясато. Под зорким наблюдением наставницы молодой адвокат успешно защищает своего первого клиента, обвинённого в убийстве. Но испытания не заставляют себя ждать. Руководительницу главного героя убивают. Под подозрением Маёй Аясато, сестра Чихиро. Рюичи должен провести расследование, изучить доказательства и устроить перекрёстный допрос свидетелям, чтобы спасти Маёй и доказать окружающим, что он и сам чего-то стоит.

Группа из тридцати человек вместе садится на автобусный тур. Их пункт назначения — покрытая тайной и, возможно, даже не существующая деревенька Нанакимура. В этой деревне обещано утопическое существование, свободное от шор бренного мира... по крайней мере, таковы слухи.
Автобус направляется глубоко в горы, увозя с собой тридцать молодых парней и девушек, в сердцах несущих свои горести и печали, а также — надежду.
Необитаемая деревня, развалившаяся, но почему-то всё же сохранившая непрекращающийся, слабый аромат жизни — вот куда прибыли герои, вот чем оказалась Нанакимура. Вот только вся ли это правда о глухой, безлюдной деревеньке, скрытой в горах?

Выжив после аварии в штаб-квартире фармацевтической компании «Саругаку», Соскэ Банба продолжает свои исследования в области гибридов монстров-кагэвани. Овладев способностью управлять силой кагэвани, исследователь тем самым получил средство для уничтожения чудовищ. Но, несмотря на все положительные стороны этого средства, у него есть один серьёзный недостаток: теперь за то, чтобы сохранить рассудок, Соскэ должен бороться против силы, способной поглотить его тело. Старые и новые угрозы вновь нависают над Соскэ. Высшие инстанции «Саругаку» снова в действии, а таинственный убийца, ведомый личной вендеттой, обратил свой взор на Банбу. И всё же он решительно идёт вперёд к своей цели, намереваясь выследить кагэвани и уничтожить эту угрозу раз и навсегда.

Полулюди — существа, которые не могут умереть. Впервые они появились семнадцать лет назад на поле битвы в Африке. Подобные случаи стали повторяться, и человечество было вынуждено признать, что столкнулось с необъяснимым феноменом. Но, кроме факта существования, о полулюдях практически ничего неизвестно. Поэтому правительство объявило награду за поимку «живого» экземпляра в целях исследования.

Настоящее время. Обычный японский школьник предвкушает свои обычные японские летние каникулы, но не тут-то было... За это лето он явно изменится...

Икэбукуро опутан паутиной тайн. Группа лиц, в которой каждый несет груз воспоминаний своей старой жизни, собираются в квартире Синры, в то время когда Доллары, Желтые Платки и Сайка сражаются за контроль над городом. Но ситуация принимает неожиданный поворот, когда появляется голова Селти. Похоже, что история начинает подходить к концу.

Я думаю, что самое время рассказать о Кисс-Шот-Ацерола-Орион-Харт-Андер-Блэйд. Я думаю, что должен сделать это. Я встретил ее на весенних каникулах по окончании второго года обучения. Эта встреча была подобна взрыву. Думал ли я, что серьезно влип? Конечно, ничего бы не произошло, если бы я не оказался там, или на моем месте был бы кто-то другой. На самом деле, я думаю, что свалить все на неудачу было бы чересчур безответственно, и, полагаю, должен признать - это была полностью моя ошибка. В конце концов, я верю, что мое существование породило дальнейшую цепь событий.